トランスポート層での暗号の手段としては、SSLを利用することができます。
また、アプリケーション層での暗号化の手段としては、WS-Securityを利用することができます。

SSLの設定方法については、こちらのURLをご参照ください。
https://tomcat.apache.org/tomcat-8.5-doc/ssl-howto.html